Para gerar o arquivo eDOC, basta clicar em Arquivos Fiscais → eDOC (PE), selecionar a loja, o ECF, o período para o qual deseja gerar o arquivo e clicar em Processar, conforme imagem abaixo.
Imagem - Gerando eDOC.
Erro do Código Externo
Se foi configurado para gerar o arquivo fiscal utilizando o código externo dos produtos pode ocorrer que mais de um produto possuírem o mesmo código externo ocasionando o erro da imagem abaixo ao tentar gerar. Para corrigir o erro altere os códigos externos iguais ou desmarque a opção de utilizar o código externo na geração do arquivo na aba Arquivos Fiscais.
Imagem - Erro.
Campos e Botões da Aba Gerando Arquivo de Arquivos Fiscais
Botões