A pasta de instalação do DJDFeMonitor é dividido em 12 sub-pastas:
- bin: Nesta pasta fica o executável do sistema, as dlls utilizadas entre outros arquivos;
- cfg: Nesta pasta ficam salvos o arquivo dfe.ini responsável de salvar as configurações realizadas nas abas e a imagem footer.png.
 É recomendável salvar o arquivo do certificado digital A1 na pasta cfg para não correr o risco dele ser deletado por engano.
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- dat: Nesta pasta fica o banco de dados do DJDFeMonitor, o mesmo é divido por mês;
- doc: Nesta pasta fica o manual do DJDFeMonitor e os arquivos txt de exemplos dos comandos;
- exemplos: Nesta pasta ficam os arquivos de exemplo de integração;
- log: Nesta pasta ficam salvos todos os logs do sistema;
- pdf: Nesta pasta ficam salvos os PDFs gerados dos cupons;
- rel: Nesta pasta ficam salvos os relatórios emitidos pelo sistema;
- sat: Nesta pasta fica todas as dlls utilizadas para comunicação com o aparelho SAT;
- schemas: Nesta pasta ficam salvos os schemas utilizados;
- tra: Nesta pasta ficam salvos os comandos recebidos para controle de transações com o banco de dados. Os arquivos são apagados após o DJDFeMonitor finalizar as transações;
- txt: Nesta pasta é utilizada para a comunicação através dos arquivos txt;
- xml: Nesta pasta ficam salvos os xmls emitidos pelo sistema.
